Visi RS Pratama yaitu menjadi rumah sakit yang bermutu, terjangkau, berbudaya dan menjadi kebanggaan masyarakat Kota Yogyakarta.

Untuk mencapai visi tersebut, RS Pratama menetapkan dan menjalankan misi-misi sebagai berikut:

1. Mengedepankan keamanan dan keselamatan pasien dan petugas dalam memberikan pelayanan;
2. Meningkatkan sarana dan prasarana pelayanan sesuai standar;
3. Mewujudkan manajemen rumah sakit yang unggul dan berbudaya.

Motto rumah sakit adalah “Melayani dengan professional”.