Rumah sakit ini didirikan di area bekas Puskesmas Mergangsan yang terletak di Jl. Kolonel Sugiyono Nomor 98 Yogyakarta. Sebelum Puskesmas Mergangsan, di area tersebut berdiri bangunan Klinik Bersalin Trisnowati. Pemilihan lokasi rumah sakit tersebut didasarkan pada pertimbangan bahwa jumlah kunjungan pasien di Puskesmas Mergangsan adalah yang paling banyak dibandingkan dengan 17 Puskesmas lain di Kota Yogyakarta, yang secara tidak langsung mengindikasikan bahwa kebutuhan akan pelayanan kesehatan masyarakat di area tersebut adalah paling tinggi di Kota Yogyakarta.

Perencanaan pembangunan gedung rumah sakit mulai dilakukan tahun 2013. Pelaksanaan pembangunan gedung rumah sakit sendiri dilakukan sepanjang tahun 2015.

Secara kelembagaan, pada saat awal opersional, RS Pratama merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dinas Kesehatan Kota Yogyakarta.Sehingga, secara formal, nama rumah sakit ini adalah UPT RS Pratama Dinas Kesehatan Kota Yogyakarta.