Instalasi Farmasi di RS Pratama Yogyakarta debedakan menjadi tiga yaitu farmasi rawat jalan, farmasi rawat inap, dan farmasi Instalsi Gawat Darurat ( IGD )

Pelayanan ke farmasian di Instalasi Farmasi RS Pratama Yogyakarta bertujuan agar pasien mendapatkan terapi yang rasional, efektif, efisien, dan aman. Obat dan alat kesehatan yang disediakan merupakan produk yang terjamin mutu, kualitas, dan keamanannya. Petugas farmasi bersama dengan tenaga medis bekerja sama sinergis dalam pemberian terapi yang rasional agar tercapai pelayanan yang optimal.